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结算协议生效后不能再另外进行工程索赔或主张违约赔偿，结算协议的形成意味着发、承包双方已经就工程价款的结算事宜形成了统一的意见，若之后发包人以质量问题或逾期峻工为由主张扣减、少付工程款或者要求损失赔偿，又或者承包人以因发包人原因导致工程延期为由，要求赔偿停工、窝工等损失的，显然是违背诚实信用原则的行为，不应得到支持，除非是结算协议另有约定。
各地法院裁判实践也坚持前述观点，比如北京高院曾指出：“结算协议生效后，承包人依据协议要求支付工程款，发包人以因承包人原因导致工程存在质量问题或逾期竣工为由，要求拒付、减付工程款或赔偿损失的，不予支持，但结算协议另有约定的除外。当事人签订结算协议不影响承包人依据约定或法律、行政法规规定承担质量保修责任。结算协议生效后，承包人以因发包人原因导致工程延期为由，要求赔偿停工、窝工等损失的，不予支持，但结算协议另有约定除外。”
