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一般情况，政府投资固定投资的建设工程项目，均需要按审计法律规定进行政府审计，以审计结果作为结算的依据。但是，根据审计法的规定及其立法宗旨，法律规定审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，目的在于维护国家财政经济秩序，提高财政资金使用效益，防止建设项目中出现违规行为。但工程款的结算，属于平等民事主体之间的民事法律关系。
因此，政府审计与民事案件中的款项争议没有必然的联系。如果双方约定了以审计结果作为结算依据，由于属于双方意思自治，则承包人需要等候审计结果。但，当发包人长期拖延未能及时取得审计结果的，承包人可以起诉主张结算工程款。如双方未约定以审计结果作为结算依据，那么发包人不能以审计为由拖延支付工程款。
